Informacje o dalszych losach Kofflera i jego rodziny nie są jednoznaczne. Maciej Gołąb podaje pięć różnych hipotez na temat śmierci kompozytora, o różnym stopniu prawdopodobieństwa, lecz żadnej z nich nie udało się w pełni potwierdzić z powodu braku bezpośrednich źródeł. Najbardziej prawdopodobną wydaje się poniższa:
Ze Lwowa Koffler ucieka do Wieliczki. Nie do getta jednak, gdyż w Wieliczce formalnie go nie utworzono, jak to miało miejsce np. w Krakowie. Dlatego do miasta napływali Żydzi z Krakowa i okolic, którzy chcieli uniknąć umieszczenia ich w zamkniętej dzielnicy. Była to głównie inteligencja żydowska, jak np. rodzina Henryka Apte, współzałożyciela i działacza Żydowskiego Towarzystwa Muzycznego w Krakowie, którego syn Ryszard był uczniem Kofflera w Konserwatorium Polskiego Towarzystwa Muzycznego we Lwowie. Niewykluczone, że Kofflerowie przyjechali ze Lwowa podążając za rodziną Apte.
Gdy społeczność żydowska zaczęła zdawać sobie sprawę, że nastąpi deportacja, gdyż zażądano od Judenratu wypłacenia kontrybucji, wielu Żydów uciekło z Wieliczki. Najprawdopodobniej także Kofflerowie. Deportacja rozpoczęła się 28 sierpnia 1942 roku.
Najbardziej prawdopodobny trop związany z losem Kofflera po opuszczeniu Wieliczki, prowadzi do okolic Krosna. Szwagierka Kofflera Gizela Hercholorfer w liście do redakcji „Życia Warszawy” (1 lipca 1987) przyznała, że spotkała go w 1942 roku na dworcu w Krośnie. Koffler miał ukrywać się w Krościenku Wyżnym, gdzie mieszkał jego uczeń. Uczniem tym był najprawdopodobniej Władysław Piękoś, organista miejscowej parafii. Wg ustaleń Macieja Gołąba małżeństwo Kofflerów wraz z synem mogło się też później schronić pod innym adresem w Krościenku Niżnym do czasu, gdy w 1943 lub 1944 roku (wiosną) wszyscy zostali pojmani i zgładzeni przez Niemców w nieznanym miejscu i nieznanych okolicznościach.