Ważną część aktywności zawodowej Józefa Kofflera stanowiła działalność w charakterze publicysty oraz redaktora czasopism, czym zajmował się w latach 1926–1938. Koffler rozpoczął działalność publicystyczną po tym jak w 1924 r. zamieszkał na stałe we Lwowie. 

„Muzyk Wojskowy” był czasopismem skierowanym do kapelmistrzów orkiestr wojskowych, jednak jego treść zdecydowanie przekraczała te ramy odbiorcze, obejmując rozmaite zagadnienia dotyczące historii i teorii muzyki. W „Muzyku Wojskowym” Koffler publikował przez cały czas ukazywania się czasopisma (1926–1929), począwszy od numeru trzeciego (co podkreśliła sama redakcja).

Do warszawskiej „Muzyki” (pismo ukazywało się w latach 1924–1938) Koffler pisywał dość rzadko, łącznie 7 razy (1930–1936). Były to dwa artykuły, list do redakcji, odpowiedzi na dwie ankiety miesięcznika, polemika, relacja. W tym okresie Koffler redagował dwa własne czasopisma („Orkiestrę”, a później także „Echo”).

W „Kwartalniku Muzycznym” (pismo ukazywało się w Warszawie w latach 1928–1933) Koffler publikował jedynie trzykrotnie. Napisał dwie obszerniejsze recenzje książek powstałych w kręgu niemieckojęzycznym – Egona Wellesza (wykładowcy Kofflera na Uniwersytecie Wiedeńskim) i Hermanna Scherchena; a także artykuł na temat modulacji diatonicznej.

Józef Koffler jako jedyny spośród polskich absolwentów wiedeńskiej muzykologii był redaktorem naczelnym dwóch własnych czasopism muzycznych (nie licząc Zdzisława Jachimeckiego, pod którego redakcją ukazały się dwa zeszyty „Rozpraw i Notatek Muzykologicznych”). Pierwszym z nich był miesięcznik „Orkiestra” (1930–1938).

Równocześnie z wydawaniem „Orkiestry”, w latach 1936–1937, Koffler redagował – tym razem we Lwowie – czasopismo „Echo – Miesięcznik Poświęcony Kulturze Muzycznej Lwowa”. Redakcja mieściła się w prywatnym mieszkaniu Kofflera we Lwowie przy ul. Chmielowskiego 5. W przeciwieństwie do ogólnopolskiej „Orkiestry” „Echo” miało raczej charakter lokalnego czasopisma lwowskiego.