Józef Koffler był absolwentem muzykologii Uniwersytetu Wiedeńskiego, gdzie zdobył wykształcenie m.in. pod kierunkiem Guido Adlera (który był też promotorem jego pracy doktorskiej), jednego z twórców tej dyscypliny i autora podziału muzykologii na historyczną i systematyczną. Dla Adlera oba działy były równie istotne (G. Adler, Umfang, Methode und Ziel der Musikwissenschaft, “Vierteljahrsschrift für Musikwissenschaft" z. I, 1885).