Wiedeński rozdział w życiu Józefa Kofflera obejmował łącznie pięć lat i przypadł na okres głębokich przemian historycznych. Przyszły kompozytor przybył do Wiednia jeszcze jako poddany cesarza Franciszka Józefa I, do dumnej stolicy wielonarodowego imperium. Opuszczał go zaś w 1923 roku, gdy miasto było już tylko centrum niewielkiej republiki, powstałej na gruzach monarchii habsburskiej, która rozpadła się w 1918 r.

Studia w Wiedniu i wojenne losy (1914–1923)
Pierwsze wiedeńskie mieszkanie Kofflera znajdowało się przy Hamburgerstrasse 7 w V dzielnicy, skąd rok później przeprowadził się na Porzellangasse 16 w dzielnicy IX. Uniwersytety europejskie dzieliły się wówczas na cztery wydziały: Filozofii, Teologii, Medycyny, Prawa. Na Uniwersytecie Wiedeńskim Koffler początkowo w roku akademickim 1914/1915 zapisał się na Wydział Prawa. Po trzech semestrach studiów prawniczych (włącznie do semestru zimowego 1915/1916) zdecydował się jednak pójść za głosem powołania i przeniósł na Wydział Filozoficzny (w semestrze letnim 1915/1916), wybierając jako główny kierunek muzykologię.
który powstał w 1898 r. i przez szereg lat był kierowany przez profesora Guidona Adlera. Instytut mieścił się w I dzielnicy, w reprezentacyjnym gmachu uniwersyteckim przy Universitätsring 1. W semestrze letnim 1915/1916 na zajęcia z zakresu muzykologii (jako dyscypliny głównej lub pobocznej) uczęszczało 244 studentów, w tym 73 (30%) urodzonych w Galicji. Poza Kofflerem był wśród nich m.in. Seweryn Barbag, który w 1910 r. uzyskał maturę w polskim gimnazjum w Buczaczu.
Studia przerwała służba wojskowa w armii austriackiej, do której Koffler został powołany latem 1916 r. Gdy dwa lata później rozpadło się imperium Habsburgów, a Polska odzyskała niepodległość, Koffler, już jako obywatel odrodzonej Rzeczypospolitej, wstąpił do Wojska Polskiego. Prawdopodobnie wziął udział w wojnie polsko-bolszewickiej (1919–1920). Po jej zakończeniu, jesienią 1920 roku, powrócił do Wiednia, by kontynuować studia muzykologiczne (w roku 1920/1921 oraz w semestrze zimowym 1921/1922). Zamieszkał wówczas w II dzielnicy, przy Obere Donaustrasse 67, z widokiem na Kanał Dunaju.
(do 1939 r. studia na Uniwersytecie Wiedeńskim kończyło się uzyskaniem stopnia doktora). Praca została poświęcona Kolorystyce orkiestrowej w dziełach symfonicznych Felixa Mendelssohna. Wcześniej, w 1922 r., pracę doktorską z muzykologii obronił w Wiedniu także Seweryn Barbag.




















Pobierał lekcje gry na fortepianie u czeskiego pianisty Viléma Kurza, profesora klasy fortepianu konserwatorium w Brnie (1919–1928), który wcześniej przez 21 lat prowadził analogiczną klasę w Konserwatorium Galicyjskiego Towarzystwa Muzycznego (GTM) we Lwowie (1898–1919). Trudno jednak stwierdzić, czy znajomość z Kurzem została nawiązana we Lwowie, czy też dopiero w Wiedniu, gdzie w latach 1914–1918 działała otwarta na czas wojny filia lwowskiego Konserwatorium GTM. Ponadto Koffler zgłębiał umiejętności w zakresie dyrygentury pod kierunkiem Ludwiga Kaisera (absolwenta wiedeńskiej muzykologii z 1907 r.), który działał jako dyrygent najpierw w wiedeńskiej Hofoper, a po 1917 r. w Volksoper. Na początku lat 20. XX w. Koffler pracował jako akompaniator i dyrygent chóralny w mieszczącym się w III dzielnicy wiedeńskim Bürgertheater (przy Zollamtsstrasse 13, budynek dziś nie istnieje), specjalizującym się w repertuarze operetkowym. Dyrektorem teatru był Oscar Fronz.