We wrześniu 1939 r. Lwów znalazł się pod okupacją sowiecką, która trwała do czerwca 1941 r. Nowe komunistyczne władze natychmiast przystąpiły do gruntownej przebudowy życia kulturalnego miasta. Zlikwidowano dotychczasowe uczelnie muzyczne, tworząc w ich miejsce Lwowskie Państwowe Konserwatorium (w gmachu PTM).
We Lwowie pod sowiecką i niemiecką okupacją (1939–1941)
Delegacja na Zjazd Związku Kompozytorów Radzieckich w Kijowie w 1940 r. W II rzędzie trzeci od lewej:J. Koffler, odok S. Barbag, W. Wytwyckyj, siedzą (od lewej): A. Sołtys, W. Barwinskyj, S. Ludkiewicz, S. Turkewicz, S. Łobaczewska. Fot. ze zbiorów Marii Sołtys.
Wśród kadry tej nowej instytucji znaleźli się przedwojenni profesorowie, w tym Józef Koffler i Adam Sołtys oraz żona Kofflera – Róża (jako pedagog fortepianu). Ponadto, nowe władze przyznały Kofflerowi tytuł profesora, wyznaczając go na prorektora uczelni oraz kierownika Katedry Kompozycji na Wydziale Kompozycji, którego dziekanem została Zofia Lissa.
Józef Koffler, II Symfonia op. 17, partia oboju I, inskrypcja wykonawcy, 28.03.1940 (Narodowa Biblioteka Ukrainy im. W. I. Wiernadskiego. Sygn.: I 35970)
W 1940 r. w dowód uznania kompozytor został też wytypowany do reprezentowania lwowskiego konserwatorium na Zjeździe Związku Kompozytorów Radzieckich w Kijowie. Pojechał tam wraz z dwoma kompozytorami ukraińskimi, Stanisławem Ludkiewiczem i Wasylem Barwińskim, a także z innymi muzykologami i kompozytorami, jak np. Wasyl Witwicki, Seweryn Barbag, Zofia Lissa, Tadeusz Zygfryd Kassern i Adam Sołtys. Podczas zjazdu wykonano w Kijowie jego II Symfonię op. 17.
Strona tytułowa czasopisma „Радянська музика” 1940 nr 5
Ponadto w 1940 r. Koffler opublikował na łamach czasopisma „Радянська музика” („Sowiecka Muzyka”) swój rozrachunek z przedwojenną przeszłością w duchu nowej ideologii. Był to jednak tekst wymuszony. Podobnie, jako powstałe zgodnie z oczekiwaniami nowych władz choć niekoniecznie zgodne z wolą i ambicjami twórcy, należy postrzegać te kompozycje Kofflera, które odwołują się do ukraińskiego folkloru, zwłaszcza jeśli zauważyć, że Koffler przed 1939 r. nie czynił z niego żadnego użytku. Dwa tego rodzaju utwory opublikowane zostały w Kijowie w latach 1940–1941. Trzeba też podkreślić, że mimo docenienia przez władze sowieckie na sporządzonej w kwietniu 1941 r. liście pedagogów LPK w rubryce „narodowość” Józef i Róża Kofflerowie określili siebie jako Polacy.
Distrikt Galizien 1941 (Polona)
W wyniku ekspansji militarnej hitlerowskich Niemiec od końca czerwca 1941 r. nastąpiła we Lwowie okupacja niemiecka, a miasto znalazło się w utworzonym w sierpniu 1941 r. Distrikt Galizien. Lwowskie konserwatorium zostało zamknięte, a budynek przeznaczono na szpital wojskowy. Pracę w swoim zawodzie stracili muzycy i muzykolodzy narodowości polskiej i żydowskiej. We wrześniu 1941 r. władze niemieckie utworzyły we Lwowie getto. Zgodnie z zarządzeniem do 15 grudnia cała ludność żydowska miała się tam przenieść. Koffler, pozbawiony pracy wykładowcy, co najmniej do końca 1941 r. pozostawał wraz z żoną i synem w swoim dotychczasowym eleganckim mieszkaniu. 19 grudnia 1941 r. napisał list do ks. Andrzeja Lubomirskiego, przedwojennego prezesa PTM we Lwowie, który miał posiadłość w Przeworsku. Kompozytor zawarł w liście deklarację swojej przynależności narodowej i religijnej (pisał ten list jako Polak i katolik). Prosił jednocześnie ks. Lubomirskiego o możliwość znalezienia schronienia dla siebie, żony i sześcioletniego syna.